Tautia aiheuttavien geenivarianttien identifiointi suomalaisilta periytyviä silmäsairauksia sairastavilta potilailta
Pylsy, Ekaterina (2020)
Pylsy, Ekaterina
2020
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020120125498
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020120125498
Tiivistelmä
Opinnäytetyö toteutettiin Folkhälsanin tutkimuskeskuksessa Silmägenetiikan tutkimusryhmässä. Työn tavoitteena oli tunnistaa periytyviä silmäsairauksia aiheuttavia geenivirheitä; suomalaisille suonikalvoston melanoomaa sairastaville potilaille suoritettiin BAP1-kasvunrajoitegeenin mutaatioanalyysi ja NLRP3-geenivirhe analysoitiin periytyvästä sarveiskalvotulehduksesta kärsiviltä potilailta. Monet perinnölliset taudit aiheutuvat yhden geenin mutaatiosta. Uudet sekvensointitekniikat ovat osoittaneet, että yhdellä yksilöllä voi olla jopa 3,5 miljoonaa muutosta koko genomissa, joista useimmilla ei ole haitallisia terveysvaikutuksia. Yksittäisen taudin geneettistä taustaa selvitettäessä variaatio tuo hankaluuksia, kun joukosta tulisi löytää sairauden aiheuttava muutos. BAP1-geenin ituratamutaatiot altistavat harvinaiselle silmäsyövälle, suonikalvoston melanoomalle (uveamelanooma, UM). NLRP3-geenin mutaatio c.61G>C aiheuttaa vallitsevasti periytyvän autoinflammatorisen sarveiskalvotulehduksen nimeltään keratitis fugax hereditaria.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli jatkaa tutkimusryhmän aiempaa tutkimusta BAP1- ja NLRP3-geenivaritanttien identifioimiseksi sekä niiden kantajien tunnistamiseksi. Mutaatioanalyyseissä käytettävä genominen DNA eristetiin potilaan kokoverinäytteestä, jonka jälkeen DNA-näytteiden pitoisuus mitattiin ja DNA laimennettiin. Mutaatioanalyysit suoritettiin Sanger- tai seuraavan sukupolven eksomisekvensointi menetelmillä. NLRP3-analyysissä analysoitiin eksoni 1, jossa aiemmin löydetty mutaatio c.61G>C istuu. UM-potilaiden näytteet analysoitiin eksomisekvensoinnilla, jonka tuloksista poimitaan BAP1-geenin kaikki eksoniset variantit. Eksomisekvensointilöydökset varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla.
Suomessa periytyviä BAP1-mutaatioita on löytynyt ~2,0 %:lta suonikalvoston melanoomaa sairastavilta potilailta ja varianttia c.61G>C NLRP3-geenissä kantaa 0,02 % suomalaisista sekä 0,01 % muista eurooppalaisista väestöistä. Molemmissa tapauksissa tautien harvinaisuus tuo haasteita sairauksien diagnosointiin ja perinnöllisten syiden selvittäminen parantaa sairauksien tunnistamista ja hoitoa. Tässä työssä prosessoitiin 63 suonikalvoston melanoomapotilaan tutkimusnäytteet analysoitavaksi BAP1-kasvunrajoitegeenin mutaatioanalyyseihin. Aikaisempien tutkimusten perusteella vain noin yhden heistä arvioidaan kantavan patogeenista BAP1-variaatiota. Viideltä keratitis fugax hereditariaa sairastavalta potilaalta todettiin NLRP3-geenin c.61G>C variantti.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli jatkaa tutkimusryhmän aiempaa tutkimusta BAP1- ja NLRP3-geenivaritanttien identifioimiseksi sekä niiden kantajien tunnistamiseksi. Mutaatioanalyyseissä käytettävä genominen DNA eristetiin potilaan kokoverinäytteestä, jonka jälkeen DNA-näytteiden pitoisuus mitattiin ja DNA laimennettiin. Mutaatioanalyysit suoritettiin Sanger- tai seuraavan sukupolven eksomisekvensointi menetelmillä. NLRP3-analyysissä analysoitiin eksoni 1, jossa aiemmin löydetty mutaatio c.61G>C istuu. UM-potilaiden näytteet analysoitiin eksomisekvensoinnilla, jonka tuloksista poimitaan BAP1-geenin kaikki eksoniset variantit. Eksomisekvensointilöydökset varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla.
Suomessa periytyviä BAP1-mutaatioita on löytynyt ~2,0 %:lta suonikalvoston melanoomaa sairastavilta potilailta ja varianttia c.61G>C NLRP3-geenissä kantaa 0,02 % suomalaisista sekä 0,01 % muista eurooppalaisista väestöistä. Molemmissa tapauksissa tautien harvinaisuus tuo haasteita sairauksien diagnosointiin ja perinnöllisten syiden selvittäminen parantaa sairauksien tunnistamista ja hoitoa. Tässä työssä prosessoitiin 63 suonikalvoston melanoomapotilaan tutkimusnäytteet analysoitavaksi BAP1-kasvunrajoitegeenin mutaatioanalyyseihin. Aikaisempien tutkimusten perusteella vain noin yhden heistä arvioidaan kantavan patogeenista BAP1-variaatiota. Viideltä keratitis fugax hereditariaa sairastavalta potilaalta todettiin NLRP3-geenin c.61G>C variantti.