DNA-eristysautomaattien käyttöönotto ja eristysmenetelmän validointi viidelle patogeeniselle bakteerille
Skön, Marika (2018)
Skön, Marika
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2018
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201805117771
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201805117771
Tiivistelmä
Insinöörityö tehtiin Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) Terveysturvallisuusosastolla Asiantuntijamikrobiologiayksikössä. Insinöörityön tavoitteena oli ottaa käyttöön kaksi uutta DNA-eristysautomaattia patogeenisten bakteerien DNA-eristystä varten, verrata tuloksia rutiinikäytössä olleeseen manuaalisen kitin avulla tehtyihin eristystuloksiin ja validoida optimaalisin menetelmä kullekin bakteerille. Toiveena oli, että eristysautomaattien avulla saavutettaisiin lyhyemmän aktiivisen työajan lisäksi korkeampia DNA-pitoisuuksia etenkin hankalammin eristettävien grampositiivisten bakteerien kohdalla.
Työn käytännön osuus suoritettiin Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen BSL-2-luokan mikrobiologisessa laboratoriossa. Työhön valittiin viisi eri bakteerilajia ja yhteensä 50 bakteerikantaa. DNA-eristykset tehtiin käyttäen NorDiag Arrow -eristysautomaatilla Viral NA -kittiä ja Analytik Jena InnuPure C16 touch -eristysautomaatilla innuPREP Bacteria DNA -kittiä. Tuloksia verrattiin manuaalisella menetelmällä, Qiagen MagAttrack HMW DNA eristyskitillä, saatuihin tuloksiin. DNA-pitoisuudet mitattiin Invitrogen Qubit -laitteella ja DNA:n puhtaus arvioitiin agaroosigeelielektroforeesilla.
Insinöörityön lopputuloksena saatiin validoitua kullekin patogeeniselle bakteerille optimaalisin eristysmenetelmä perustuen korkeimpaan DNA-pitoisuuteen ja DNA:n riittävään puhtauteen. Eristysautomaatteja verratessa työssä käytetyillä kiteillä Arrow-eristysautomaatti osoittautui jokaisen bakteerin kohdalla paremmaksi vaihtoehdoksi. Agaroosigeelielektroforeesin avulla saatiin arvioitua, että molemmilla eristysautomaateilla saadaan tarpeeksi puhdasta DNA:ta kokogenomisekvensointia varten. Työn tuloksena syntyi myös käyttöohjeet molempien DNA-eristysautomaattien käyttöön.
Työn tulosten perusteella DNA-eristystä voidaan alkaa tehdä Arrow-eristysautomaatin avulla. Protokollaa voi tarvittaessa vielä hioa, sillä tämän työn puitteissa ei ollut tarpeen tehdä esimerkiksi toistomittauksia. Tulosten pohjalta yksikössä on jo aloitettu eristämään Arrow’lla L. monocytogenes -kantojen DNA:ta. InnuPure C16 touch -eristysautomaatilla voisi olla suositeltavaa harkita valmistajan SmartExtraction-menetelmän kokeilemista, sillä DNA-pitoisuudet jäivät osin liian pieniksi kokogenomisekvensointia ajatellen.
Työn käytännön osuus suoritettiin Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen BSL-2-luokan mikrobiologisessa laboratoriossa. Työhön valittiin viisi eri bakteerilajia ja yhteensä 50 bakteerikantaa. DNA-eristykset tehtiin käyttäen NorDiag Arrow -eristysautomaatilla Viral NA -kittiä ja Analytik Jena InnuPure C16 touch -eristysautomaatilla innuPREP Bacteria DNA -kittiä. Tuloksia verrattiin manuaalisella menetelmällä, Qiagen MagAttrack HMW DNA eristyskitillä, saatuihin tuloksiin. DNA-pitoisuudet mitattiin Invitrogen Qubit -laitteella ja DNA:n puhtaus arvioitiin agaroosigeelielektroforeesilla.
Insinöörityön lopputuloksena saatiin validoitua kullekin patogeeniselle bakteerille optimaalisin eristysmenetelmä perustuen korkeimpaan DNA-pitoisuuteen ja DNA:n riittävään puhtauteen. Eristysautomaatteja verratessa työssä käytetyillä kiteillä Arrow-eristysautomaatti osoittautui jokaisen bakteerin kohdalla paremmaksi vaihtoehdoksi. Agaroosigeelielektroforeesin avulla saatiin arvioitua, että molemmilla eristysautomaateilla saadaan tarpeeksi puhdasta DNA:ta kokogenomisekvensointia varten. Työn tuloksena syntyi myös käyttöohjeet molempien DNA-eristysautomaattien käyttöön.
Työn tulosten perusteella DNA-eristystä voidaan alkaa tehdä Arrow-eristysautomaatin avulla. Protokollaa voi tarvittaessa vielä hioa, sillä tämän työn puitteissa ei ollut tarpeen tehdä esimerkiksi toistomittauksia. Tulosten pohjalta yksikössä on jo aloitettu eristämään Arrow’lla L. monocytogenes -kantojen DNA:ta. InnuPure C16 touch -eristysautomaatilla voisi olla suositeltavaa harkita valmistajan SmartExtraction-menetelmän kokeilemista, sillä DNA-pitoisuudet jäivät osin liian pieniksi kokogenomisekvensointia ajatellen.