Listeria monocytogenes -bakteerin eristäminen maito- ja tilanäytteistä ja tunnistaminen PCR-menetelmällä
Kotiranta, Matti (2015)
Kotiranta, Matti
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2015
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015120419425
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015120419425
Tiivistelmä
Tässä opinnäytetyössä eristettiin ja tunnistettin Listeria monocytogenes -bakteeria kolmelta eri näytetilalta saapuvista maito- ja suodatinnäytteistä sekä niiden ympäristönäytteistä. Kaikki näytteet esikäsiteltiin samalla tavalla, eristetyt kannat analysoitiin Multiplex PCR -menetelmällä, jossa käytettävä reaktioseos sisälsi sekä Listeria- että L. monocytogenes -spesifiset alukkeet. Monistetut näytteet tunnistettiin sitten agaroosigeelielektroforeesi-menetelmällä.
Näytteiden esikäsittely onnistui hyvin ja Listeriaa ja L. monocytogenes -lajia oli helppo eris-tää positiivisista näytteistä. Listeria-kantojen analyysi käytetyllä Multiplex PCR -menetelmällä onnistui hyvin. Agaroosigeelielektroforeesi-ajossa näytteet erottuivat hyvin toisistaan, saadut tulokset näkyivät hyvin UV-valossa. Ympäristönäytteissä esikäsittelyssä oli pieniä ongelmia, kuten ulostenäytteiden liukeneminen Fraser-liemeen, mikä vaikeutti pipetointia, mutta muuten ympäristönäytteiden esikäsittelyssä ja DNA:n tutkimisessa PCR-menetelmällä ei ollut ongelmia.
Ympäristönäytteistä saatujen tulosten perusteella voidaan todeta, että pääsääntöisesti Liste-riaa ja L. monocytogenes -lajia esiintyy eläinten ulosteissa, mikä voidaan liittää eläimille tarjoiltuun huonolaatuiseen säilörehuun. Huono säilörehu voidaan myös yhdistää navettojen ruoka- ja juomakupeista kerättyihin positiivisiin näytteisiin. Tarkasteltaessa maito- ja suoda-tinnäytteiden Listeria-positiivisia tuloksia on helppo havaita kuinka, paljon suurempi määrä positiivisia tuloksia saatiin suodattimissa, mikä voi johtua suodattimiin kohdistuvasta maito-määrästä, koska kaikki maito kulkee niiden läpi tankkeihin.
Myös utareissa mahdollisesti olevasta lika, jonka eläin on saanut ollessaan ulkona laitumella, saattaa vaikuttaa tuloksiin.
Näytteiden esikäsittely onnistui hyvin ja Listeriaa ja L. monocytogenes -lajia oli helppo eris-tää positiivisista näytteistä. Listeria-kantojen analyysi käytetyllä Multiplex PCR -menetelmällä onnistui hyvin. Agaroosigeelielektroforeesi-ajossa näytteet erottuivat hyvin toisistaan, saadut tulokset näkyivät hyvin UV-valossa. Ympäristönäytteissä esikäsittelyssä oli pieniä ongelmia, kuten ulostenäytteiden liukeneminen Fraser-liemeen, mikä vaikeutti pipetointia, mutta muuten ympäristönäytteiden esikäsittelyssä ja DNA:n tutkimisessa PCR-menetelmällä ei ollut ongelmia.
Ympäristönäytteistä saatujen tulosten perusteella voidaan todeta, että pääsääntöisesti Liste-riaa ja L. monocytogenes -lajia esiintyy eläinten ulosteissa, mikä voidaan liittää eläimille tarjoiltuun huonolaatuiseen säilörehuun. Huono säilörehu voidaan myös yhdistää navettojen ruoka- ja juomakupeista kerättyihin positiivisiin näytteisiin. Tarkasteltaessa maito- ja suoda-tinnäytteiden Listeria-positiivisia tuloksia on helppo havaita kuinka, paljon suurempi määrä positiivisia tuloksia saatiin suodattimissa, mikä voi johtua suodattimiin kohdistuvasta maito-määrästä, koska kaikki maito kulkee niiden läpi tankkeihin.
Myös utareissa mahdollisesti olevasta lika, jonka eläin on saanut ollessaan ulkona laitumella, saattaa vaikuttaa tuloksiin.