Laadukas genominen DNA : DNA:n eristysmenetelmien vertailu rintasyöpänäytteistä
Koistinen, Miia; Lehtoaho, Ulla (2016)
Koistinen, Miia
Lehtoaho, Ulla
Savonia-ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016120419012
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016120419012
Tiivistelmä
Genomitutkimuksen tavoitteena on ymmärtää sairauksien periytymistä, syntyä ja etenemistä, sekä myös parantaa ja yksilöidä sairauksien hoidon tehoa ja seurantaa. Uusissa syöpätutkimuksissa on pystytty selvittämään syöpäalttiuden molekyyligeneettistä taustaa ja sitä kautta on saatu lisätietoa sairastumisriskeistä. Ihmisen genomi sisältää nykytiedon mukaan yli 20 000 geeniä, jotka koodaavat elämälle välttämättömiä proteiineja. Geenin altistuessa mutaatiolle on mahdollista, että syntyy ylimääräisiä, virheellisesti toimivia tai kokonaan toimimattomia proteiineja, jolloin syövän syntymekanismit saattavat aktivoitua. Näitä mutataatioita pystytään tutkimaan muun muassa sekvensoimalla geenien emäsjärjestyksiä.
Sekvensointimenetelmien kehittymisen myötä on mahdollistunut pitkien DNA-juosteiden sekvensointi. Kehitystyön ansiosta vuonna 2009 markkinoille tullut Single Molecule Real Time (SMRT) -sekvensointimenetelmä lupaa keskimäärin 21 000 juostetta yhdellä reaktiolla. SMRT-sekvensointiin soveltuvan DNA:n tulee olla riittävän suurikokoista ja puhdasta.
Opinnäytetyö on vertaileva, määrällinen tutkimus, jonka tarkoituksena oli eristää genomista DNA:ta kolmella eri menetelmällä. Tutkimuksessa vertailtiin keskenään perinteistä fenoli-kloroformiuuttoa sekä kahta kaupallista reagenssisarjaa (Agilent ja Qiagen) ja tavoitteena oli selvittää, mikä näistä menetelmistä soveltuisi parhaiten SMRT-sekvensointiin soveltuvan DNA:n eristämiseen.
Eristetyn DNA:n laatua määritettiin spektrofotometrilla, fluorometrillä, PCR:llä sekä agaroosigeelielektroforeesilla. Lisäksi työssä tarkasteltiin näytteiden säilytyksen keston vaikutusta eristetyn DNA:n laatuun, sekä eristysmenetelmien kustannusvaikuttavuutta. Työssä käytettävät lähtömateriaalit olivat rintasyöpätutkimukselle lahjoitettuja veri- ja kudosnäytteitä. Lisäksi eristykset tehtiin myös rintasyöpäsoluviljelmän soluista.
Opinnäytetyöstä saatujen tulosten perusteella voitiin todeta, että pisintä ja puhtainta DNA:ta saatiin eristettyä perin-teisellä fenoli-kloroformiuutolla. Tulosten perusteella on aloitettu rintasyöpäkudosten SMRT-sekvensointiin johtavat DNA:n eristykset.
Sekvensointimenetelmien kehittymisen myötä on mahdollistunut pitkien DNA-juosteiden sekvensointi. Kehitystyön ansiosta vuonna 2009 markkinoille tullut Single Molecule Real Time (SMRT) -sekvensointimenetelmä lupaa keskimäärin 21 000 juostetta yhdellä reaktiolla. SMRT-sekvensointiin soveltuvan DNA:n tulee olla riittävän suurikokoista ja puhdasta.
Opinnäytetyö on vertaileva, määrällinen tutkimus, jonka tarkoituksena oli eristää genomista DNA:ta kolmella eri menetelmällä. Tutkimuksessa vertailtiin keskenään perinteistä fenoli-kloroformiuuttoa sekä kahta kaupallista reagenssisarjaa (Agilent ja Qiagen) ja tavoitteena oli selvittää, mikä näistä menetelmistä soveltuisi parhaiten SMRT-sekvensointiin soveltuvan DNA:n eristämiseen.
Eristetyn DNA:n laatua määritettiin spektrofotometrilla, fluorometrillä, PCR:llä sekä agaroosigeelielektroforeesilla. Lisäksi työssä tarkasteltiin näytteiden säilytyksen keston vaikutusta eristetyn DNA:n laatuun, sekä eristysmenetelmien kustannusvaikuttavuutta. Työssä käytettävät lähtömateriaalit olivat rintasyöpätutkimukselle lahjoitettuja veri- ja kudosnäytteitä. Lisäksi eristykset tehtiin myös rintasyöpäsoluviljelmän soluista.
Opinnäytetyöstä saatujen tulosten perusteella voitiin todeta, että pisintä ja puhtainta DNA:ta saatiin eristettyä perin-teisellä fenoli-kloroformiuutolla. Tulosten perusteella on aloitettu rintasyöpäkudosten SMRT-sekvensointiin johtavat DNA:n eristykset.