HNF1B-geenin karakterisointi suomalaisissa eturauhassyöpäperheissä
PATRIKAINEN, MIMMI (2010)
PATRIKAINEN, MIMMI
2010
Biokemia - Biochemistry
Lääketieteellinen tiedekunta - Faculty of Medicine
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2010-06-10
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-20747
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-20747
Tiivistelmä
Tutkimuksen tausta ja tavoitteet: Eturauhassyöpä on miesten yleisin syöpä Suomessa ja muissa länsimaissa ja sen syntyyn vaikuttavat monet tekijät, niin perinnölliset tekijät kuin myös ulkoiset riskitekijät. Perinnöllisen eturauhassyövän osuus on noin 5-10 % kaikista syöpätapauksista, mutta noin 20 % syövistä on todennäköisesti joitakin perinnöllisiä tekijöitä taustalla. Tämä tutkimus perustuu suomalaisella perheaineistolla tehtyyn kytkentätutkimukseen, jossa saatiin vahva kytkentä kromosomaaliseen alueeseen 17q21-22. Tavoitteena oli löytää eturauhassyövälle altistavia muutoksia kandidaattigeenistä HNF1B, joka sijaitsee kyseisellä alueella.
Tutkimusmenetelmät: Kandidaattigeenin sekvenssi selvitettiin sekvensointi-menetelmällä käyttäen ABI PRISM -analysaattoria. Eturauhassyöpään assosioituneita geenimuutoksia tutkittiin suuremmassa aineistossa käyttäen TaqMan-genotyyppausmenetelmää. Yhden geenimuutoksen tutkimiseen käytettiin High resolution melting (HMR) -menetelmää, jonka optimointi ja testaus olivat osa tutkimuksen tavoitteita. Tutkimuksen aineistona käytettiin suomalaisia eturauhassyöpäperheitä ja Suomen Punaisen Ristin verenluovuttajat toimivat kontrollinäytteinä. TaqMan-genotyyppauksissa aineistona käytettiin Tampereen yliopistollisen sairaalan urologian poliklinikan eturauhassyöpäpotilaiden näytteitä.
Tutkimustulokset: Kandidaattigeenistä löytyi kymmenen muutosta, joista kaksi (IVS8-22T>C ja IVS9+444C>A) oli assosioitunut eturauhassyöpään. Lisäksi geenin promoottorialueelta löytyi mielenkiintoinen 16 emäksen toistojakso, jonka toistojen määrät vaihtelivat eri näytteiden välillä.
Johtopäätökset: HNF1B-geenistä löytyneet, eturauhassyöpään assosioituvat muutokset sijaitsivat intronisella alueella ja 3´UTR-alueella, joten näiden muutosten vaikutus geeniin välittyy todennäköisesti geenin ilmentymiseen säätelyn kautta. Yksityiskohtaisempaa biologista vaikutusta on vaikea ennustaa tämän tutkimuksen perusteella. Promoottorialueelta löytynyt toistojakso sijaitsee alueella, jossa on useiden transkriptiofaktoreiden kiinnittymiskohtia. Sekvenssimuutokset vaikuttavat todennäköisesti transkriptiotekijöiden kiinnittymiseen ja edelleen HNF1B:n säätelemien geenien ilmentymiseen. Tarkempia tutkimuksia kuitenkin tarvitaan, jotta voidaan arvioida variaatioiden yhteyttä syöpään.
Tutkimusmenetelmät: Kandidaattigeenin sekvenssi selvitettiin sekvensointi-menetelmällä käyttäen ABI PRISM -analysaattoria. Eturauhassyöpään assosioituneita geenimuutoksia tutkittiin suuremmassa aineistossa käyttäen TaqMan-genotyyppausmenetelmää. Yhden geenimuutoksen tutkimiseen käytettiin High resolution melting (HMR) -menetelmää, jonka optimointi ja testaus olivat osa tutkimuksen tavoitteita. Tutkimuksen aineistona käytettiin suomalaisia eturauhassyöpäperheitä ja Suomen Punaisen Ristin verenluovuttajat toimivat kontrollinäytteinä. TaqMan-genotyyppauksissa aineistona käytettiin Tampereen yliopistollisen sairaalan urologian poliklinikan eturauhassyöpäpotilaiden näytteitä.
Tutkimustulokset: Kandidaattigeenistä löytyi kymmenen muutosta, joista kaksi (IVS8-22T>C ja IVS9+444C>A) oli assosioitunut eturauhassyöpään. Lisäksi geenin promoottorialueelta löytyi mielenkiintoinen 16 emäksen toistojakso, jonka toistojen määrät vaihtelivat eri näytteiden välillä.
Johtopäätökset: HNF1B-geenistä löytyneet, eturauhassyöpään assosioituvat muutokset sijaitsivat intronisella alueella ja 3´UTR-alueella, joten näiden muutosten vaikutus geeniin välittyy todennäköisesti geenin ilmentymiseen säätelyn kautta. Yksityiskohtaisempaa biologista vaikutusta on vaikea ennustaa tämän tutkimuksen perusteella. Promoottorialueelta löytynyt toistojakso sijaitsee alueella, jossa on useiden transkriptiofaktoreiden kiinnittymiskohtia. Sekvenssimuutokset vaikuttavat todennäköisesti transkriptiotekijöiden kiinnittymiseen ja edelleen HNF1B:n säätelemien geenien ilmentymiseen. Tarkempia tutkimuksia kuitenkin tarvitaan, jotta voidaan arvioida variaatioiden yhteyttä syöpään.