Comparison of two proteomic methods for analyses of glaucoma medication effects in vitro
Karisola, Noora (2018)
Karisola, Noora
2018
Lääketieteen lisensiaatin tutkinto-ohjelma - Licentiate's Degree Programme in Medicine
Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta - Faculty of Medicine and Life Sciences
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2018-01-19
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:uta-201801221085
https://urn.fi/URN:NBN:fi:uta-201801221085
Tiivistelmä
Tämän syventävän työn tarkoituksena oli vertailla kahden eri massaspektrometrimenetelmän, SWATH-MS:n ja iTRAQ:n, eroja silmäsolujen proteomiikan tutkimuksissa. Tutkimustyö oli osa laajempaa kokonaisuutta, jossa tutkittiin glaukoomalääkkeiden vaikutusta silmän pinnan soluihin. Analysoitavina solumalleina käytettiin kahta silmän pinnan solulinjaa, HCE ja NHC. HCE-solulinja on kehitetty ihmisen sarveiskalvon epiteelisoluista, ja NHC-solulinja ihmisen sidekalvon soluista. Solut altistettiin kahdella eri glaukoomalääkkeellä, tafluprostilla ja latanoprostilla, sekä lääkkeiden säilöntäaineella bentsalkoniumkloridilla. Kontrollinäytteinä käytettiin altistamattomia soluja. Altistusten jälkeen kummankin solulinjan näytteet analysoitiin kahdella eri massaspektrometrimenetelmällä, SWATH-MS ja iTRAQ.
Menetelmien välillä vertailtiin niiden tunnistamien proteiinien kokonaismäärää ja tunnistamisen toistettavuutta, pitoisuusmääritysten luotettavuutta ja tulosten yhteneväisyyttä keskenään. SWATH- MS:lla proteiineja tunnistettiin huomattavasti enemmän ja toistettavammin kuin iTRAQ:lla. iTRAQ vaikutti tulosten perusteella tuottavan luotettavampia pitoisuusmäärityksiä kuin SWATH-MS, mutta tulokset analysoitiin pienemmästä määrästä proteiineja. Pitoisuusmääritysten osalta tulokset olivat jokseenkin yhteneviä, mutta tuloksissa ei löytynyt lineaarista suhdetta menetelmien välillä.
Menetelmien välillä vertailtiin niiden tunnistamien proteiinien kokonaismäärää ja tunnistamisen toistettavuutta, pitoisuusmääritysten luotettavuutta ja tulosten yhteneväisyyttä keskenään. SWATH- MS:lla proteiineja tunnistettiin huomattavasti enemmän ja toistettavammin kuin iTRAQ:lla. iTRAQ vaikutti tulosten perusteella tuottavan luotettavampia pitoisuusmäärityksiä kuin SWATH-MS, mutta tulokset analysoitiin pienemmästä määrästä proteiineja. Pitoisuusmääritysten osalta tulokset olivat jokseenkin yhteneviä, mutta tuloksissa ei löytynyt lineaarista suhdetta menetelmien välillä.