DNA-polymeraasin karakterisointi, tuotantoprosessin tutkiminen ja LC-MS-menetelmän kehitys
Al-Mosawi, Ahmed (2019)
Al-Mosawi, Ahmed
2019
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019120223931
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019120223931
Tiivistelmä
Opinnäytetyö toteutettiin Thermo Fisher Scientific Oy:n Vantaan toimipisteessä, Mikrobiologian divisioonan Food Safety Protection R&D osastossa. Osaston tehtäviin kuuluu mm. kehittää PCR-tuotteita tunnistamaan patogeenisiä mikro-organismeja ruokanäytteistä.
Työn tavoitteena oli tutkia DNA-polymeraasientsyymin ominaisuuksia ja tuotantoeräkohtaisia eroja. DNA-polymeraasientsyymi tuotteesta halutiin kehittää LC-MS-karakterisointimenetelmiä erojen tunnistamiseksi. DNA-polymeraasin ominaisuuksista tarkastellaan konsentraatio, puhtaus ja rakenne. Proteiininkonsentraatio ja puhtaus määritettiin Bradford- ja SDS-PAGE -analyyseillä.
DNA-polymeraasin rakenteen tutkimista varten kehitettiin LC-MS-menetelmä, jossa pystyttiin tutkimaan entsymaattisesti pilkottuja peptidejä. Työssä osallistuttiin uusimman erän tuotannossa, jossa tavoitteena on tutkia ja mahdollisesti optimoida tuotantoprosessia.
Työssä saatiin hyödyllistä tietoa DNA-polymeraasin rakenteesta ja vaihtelusta. Vaikka tämän työn tulosten perusteella ei todettu vaihtelun olevan merkitsevä DNA-polymeraasin toimintaan, sitä tullaan tutkimaan lisää.
LC-MS-menetelmä ei onnistunut täysin aikarajoituksien vuoksi, ja vaatii menetelmän optimointia. LC-MS-menetelmän osittaisen epäonnistumisen syy on tutkittu, ja se on todettu johtuvan osittain ionisaation stabiilisuudesta. Tässä työssä kehitettyä menetelmää tullaan käyttämään pohjana tulevissa jatkotutkimuksissa.
Opinnäytetyöstä on saatu hyödyllistä tietoa DNA-polymeraasientsyymistä ja pystytään suunnittelemaan jatkotutkimuksia tämän työn tulosten perusteella. On myös alustavasti kehitetty LC-MS-menetelmä, josta voi jatkaa optimointia
Työn tavoitteena oli tutkia DNA-polymeraasientsyymin ominaisuuksia ja tuotantoeräkohtaisia eroja. DNA-polymeraasientsyymi tuotteesta halutiin kehittää LC-MS-karakterisointimenetelmiä erojen tunnistamiseksi. DNA-polymeraasin ominaisuuksista tarkastellaan konsentraatio, puhtaus ja rakenne. Proteiininkonsentraatio ja puhtaus määritettiin Bradford- ja SDS-PAGE -analyyseillä.
DNA-polymeraasin rakenteen tutkimista varten kehitettiin LC-MS-menetelmä, jossa pystyttiin tutkimaan entsymaattisesti pilkottuja peptidejä. Työssä osallistuttiin uusimman erän tuotannossa, jossa tavoitteena on tutkia ja mahdollisesti optimoida tuotantoprosessia.
Työssä saatiin hyödyllistä tietoa DNA-polymeraasin rakenteesta ja vaihtelusta. Vaikka tämän työn tulosten perusteella ei todettu vaihtelun olevan merkitsevä DNA-polymeraasin toimintaan, sitä tullaan tutkimaan lisää.
LC-MS-menetelmä ei onnistunut täysin aikarajoituksien vuoksi, ja vaatii menetelmän optimointia. LC-MS-menetelmän osittaisen epäonnistumisen syy on tutkittu, ja se on todettu johtuvan osittain ionisaation stabiilisuudesta. Tässä työssä kehitettyä menetelmää tullaan käyttämään pohjana tulevissa jatkotutkimuksissa.
Opinnäytetyöstä on saatu hyödyllistä tietoa DNA-polymeraasientsyymistä ja pystytään suunnittelemaan jatkotutkimuksia tämän työn tulosten perusteella. On myös alustavasti kehitetty LC-MS-menetelmä, josta voi jatkaa optimointia