Reaaliaikaisen PCR-menetelmän ja isotermaalisen LAMP-monistuksen vertailu HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittamisessa
Lehtimäki, Teija (2019)
Lehtimäki, Teija
2019
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019120223839
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019120223839
Tiivistelmä
Seinäjoen keskussairaalan patologian laboratoriossa tutkitaan HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän mutaation esiintyminen reaaliaikaisella PCR-menetelmällä (qPCR). Reaaliaikainen PCR-menetelmä perustuu kolmivaiheeseen syklimäiseen reaktioon, jossa reaktion eri vaiheet tapahtuvat eri lämpötiloissa. Menetelmä vaatii DNA:n eristämisen ennen PCR-reaktion suorittamista. Viime vuonna markkinoille on tullut LaCAR MDx:n valmistamat isotermaaliset LAMP (Loop mediated isothermal amplification)-monistukseen perustuvat testit kudosantigeenin ja geenimutaation osoittamiseen. LAMP-monistuksessa reaktio tapahtuu isotermaalisissa olosuhteissa eli vakiolämpötilassa eikä lämpötilojen vaihtelua tapahdu. LAMP-monistus on syklimäinen itsestään jatkuva reaktio, jossa käytetään DNA-polymeraasia, jolla on kyky syrjäyttää kaksijuosteisen DNA:n toinen juoste paikoiltaan rakentaen samalla uutta vastinjuostetta syrjäytetyn tilalle.
Opinnäytetyön tarkoituksena on selvittää, vastaavatko qPCR-menetelmällä ja LAMP-monistuksella saadut tulokset toisiaan HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittamisessa. Samalla selvitetään, nopeuttavatko LaCAR MDx:n valmistamat testit vastauksen saamista. Tutkimuksen tavoitteena on ottaa uusi menetelmä rutiinikäyttöön HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvien geenimutaation osoittamiseen.
Tutkimuksen mukaan menetelmillä saadut tulokset vastasivat toisiaan HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittamisessa. LAMP-monistuksella HLA-B27-kudosantigeenin osoittaminen tapahtui 1 tunti 20 minuuttia nopeammin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittaminen nopeutui 2 tuntia 9 minuuttia.
LAMP-monistus on tutkimuksen mukaan luotettava menetelmä ja sen avulla on mahdollista saada vastaukset nopeammin. LAMP-monistusta ei kuitenkaan oteta tällä hetkellä Seinäjoen keskussairaalan patologian laboratoriossa käyttöön, koska LAMP-monistus sisältää useita käsin tehtäviä vaiheita. Tämä lisää inhimillisten virheiden määrää ja sillä voi olla vaikutusta potilasturvallisuuteen.
Opinnäytetyön tarkoituksena on selvittää, vastaavatko qPCR-menetelmällä ja LAMP-monistuksella saadut tulokset toisiaan HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittamisessa. Samalla selvitetään, nopeuttavatko LaCAR MDx:n valmistamat testit vastauksen saamista. Tutkimuksen tavoitteena on ottaa uusi menetelmä rutiinikäyttöön HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvien geenimutaation osoittamiseen.
Tutkimuksen mukaan menetelmillä saadut tulokset vastasivat toisiaan HLA-B27-kudosantigeenin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittamisessa. LAMP-monistuksella HLA-B27-kudosantigeenin osoittaminen tapahtui 1 tunti 20 minuuttia nopeammin ja laktoosi-intoleranssiin liittyvän geenimutaation osoittaminen nopeutui 2 tuntia 9 minuuttia.
LAMP-monistus on tutkimuksen mukaan luotettava menetelmä ja sen avulla on mahdollista saada vastaukset nopeammin. LAMP-monistusta ei kuitenkaan oteta tällä hetkellä Seinäjoen keskussairaalan patologian laboratoriossa käyttöön, koska LAMP-monistus sisältää useita käsin tehtäviä vaiheita. Tämä lisää inhimillisten virheiden määrää ja sillä voi olla vaikutusta potilasturvallisuuteen.