Escherichia colin määritys kvantitatiivisella PCR:llä : työohje molekyylibiologian laboratorioon
Laine, Matti; Saaranluoma, Tiia (2019)
Laine, Matti
Saaranluoma, Tiia
2019
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019111120923
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2019111120923
Tiivistelmä
Polymeraasiketjureaktio (PCR) on paljon käytetty menetelmä, jolla on nykyään monia erilaisia käyttökohteita ja se on keskeinen menetelmä molekyylibiologian laboratoriossa. PCR-reaktiossa hyvinkin pienestä määrästä DNA:ta saadaan monistettua moninkertainen määrä samaa DNA:ta, jolloin sitä voidaan käyttää esimerkiksi diagnostisiin tarkoituksiin. Esimerkiksi mikrobiologian laboratoriossa PCR-tekniikkaa käytetään jo hyvin paljon, ja tekniikan käyttö vain lisääntyy. PCR-tekniikkaa avuksi käyttäen voidaan tunnistaa bakteereja ja monistaa DNA-jaksoja.
Kvantitatiivisella polymeraasiketjureaktiolla (qPCR) pystytään mittaamaan monistettavan DNA:n määrää reaaliajassa merkkiaineiden avulla. Menetelmän etuina on sen nopeus eikä se tarvitse agaroosigeeliä tulosten tulkintaan. Esimerkiksi tiettyjen bakteereiden osoituksessa siitä on tullut jo rutiinimenetelmä.
Opinnäytetyön tavoitteena on tuottaa työohje E. colin määrityksestä kvantitatiivisella PCR-menetelmällä. Opinnäytetyön tarkoituksena on tehdä StepOnePlus™ Real-Time PCR-analysaattorilla määritys, ja tuottaa prosessista toimiva työohje. Työohje tulee Tampereen ammattikorkeakoulun molekyylibiologian laboratorioon opetuskäyttöön. Opinnäytetyö toteutetaan toiminnallisena opinnäytetyönä.
Menetelmä testattiin Tampereen ammattikorkeakoulun molekyylibiologian laboratoriossa, ja opinnäytetyö sisältää tarkempaa tietoa prosessin kulusta ja eri työvaiheista. Prosessi lähtee liikkeelle bakteerin genomin eristyksestä päättyen qPCR-määrityksen tuloksiin.
Kirjallinen osio antaa pohjatietoa PCR:n perusperiaatteista ja käyttökohteista. Materiaali on hyväksi tueksi työohjeen käyttäjälle myös laboratorioharjoituksiin. Kirjallinen osio avaa opiskelijalle testauksen eri vaiheita, joita suoritettiin työohjeen toimivuuden takaamiseksi.
Kehitysehdotuksena työohjetta tulisi testata vielä opiskelijaryhmällä, ja muokata sitä saadun palautteen mukaan. Menetelmää voisi saada kustannustehokkaammaksi optimoimalla reaktion alukkeiden ja SYBR® Greenin määriä.
Kvantitatiivisella polymeraasiketjureaktiolla (qPCR) pystytään mittaamaan monistettavan DNA:n määrää reaaliajassa merkkiaineiden avulla. Menetelmän etuina on sen nopeus eikä se tarvitse agaroosigeeliä tulosten tulkintaan. Esimerkiksi tiettyjen bakteereiden osoituksessa siitä on tullut jo rutiinimenetelmä.
Opinnäytetyön tavoitteena on tuottaa työohje E. colin määrityksestä kvantitatiivisella PCR-menetelmällä. Opinnäytetyön tarkoituksena on tehdä StepOnePlus™ Real-Time PCR-analysaattorilla määritys, ja tuottaa prosessista toimiva työohje. Työohje tulee Tampereen ammattikorkeakoulun molekyylibiologian laboratorioon opetuskäyttöön. Opinnäytetyö toteutetaan toiminnallisena opinnäytetyönä.
Menetelmä testattiin Tampereen ammattikorkeakoulun molekyylibiologian laboratoriossa, ja opinnäytetyö sisältää tarkempaa tietoa prosessin kulusta ja eri työvaiheista. Prosessi lähtee liikkeelle bakteerin genomin eristyksestä päättyen qPCR-määrityksen tuloksiin.
Kirjallinen osio antaa pohjatietoa PCR:n perusperiaatteista ja käyttökohteista. Materiaali on hyväksi tueksi työohjeen käyttäjälle myös laboratorioharjoituksiin. Kirjallinen osio avaa opiskelijalle testauksen eri vaiheita, joita suoritettiin työohjeen toimivuuden takaamiseksi.
Kehitysehdotuksena työohjetta tulisi testata vielä opiskelijaryhmällä, ja muokata sitä saadun palautteen mukaan. Menetelmää voisi saada kustannustehokkaammaksi optimoimalla reaktion alukkeiden ja SYBR® Greenin määriä.