Pikornavirusgenomin monistus RT-PCR-menetelmällä
Metz, Tapio (2018)
Metz, Tapio
Turun ammattikorkeakoulu
2018
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2018090514887
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2018090514887
Tiivistelmä
Työn tarkoituksena oli kehittää ja optimoida menetelmä jolla on mahdollista monistaa kokonainen pikornavirusgenomi hyödyntäen pitkää RT-PCR-menetelmää. Tässä menetelmässä virus-RNA käännetään ensin RT-entsyymin avulla cDNA:ksi, josta PCR-reaktiossa muodostetaan genomin pituinen DNA-juoste. Näytteinä käytettiin plasmidiin kloonattuja virusgenomeja ja virus-RNA:ta.
Työssä oli tarkoitus kokeilla kaupallisesti saatavilla olevien eri valmistajien RT- ja PCR-entsyymejä pitkä-RT-PCR-menetelmässä. Työ oli suunniteltu tehtäväksi siten, että ensin testattiin PCR-entsyymejä ja sitten RT-entsyymejä kehitetyn RT-PCR-menetelmän kanssa. Alustavan analyysin perusteella valittiin parhaat PCR-entsyymit uusiin kokeisiin, joissa testattiin miten syklimäärä ja nukleotidikonsentraatio vaikuttivat reaktioiden toimivuuteen.
Työn aikana todettiin kahden PCR-entsyymin toimivan muita paremmin tutkimukseen valittujen näytteiden kanssa. Kehitetty PCR-menetelmä osoitti toimivuutensa ja sitä voidaan jatkossa käyttää RT-entsyymien testauksessa RT-PCR-reaktiossa, jota ei ehditty viemään loppuun projektin aikana.
Työssä oli tarkoitus kokeilla kaupallisesti saatavilla olevien eri valmistajien RT- ja PCR-entsyymejä pitkä-RT-PCR-menetelmässä. Työ oli suunniteltu tehtäväksi siten, että ensin testattiin PCR-entsyymejä ja sitten RT-entsyymejä kehitetyn RT-PCR-menetelmän kanssa. Alustavan analyysin perusteella valittiin parhaat PCR-entsyymit uusiin kokeisiin, joissa testattiin miten syklimäärä ja nukleotidikonsentraatio vaikuttivat reaktioiden toimivuuteen.
Työn aikana todettiin kahden PCR-entsyymin toimivan muita paremmin tutkimukseen valittujen näytteiden kanssa. Kehitetty PCR-menetelmä osoitti toimivuutensa ja sitä voidaan jatkossa käyttää RT-entsyymien testauksessa RT-PCR-reaktiossa, jota ei ehditty viemään loppuun projektin aikana.