Detergentteihin pohjautuvan näytteenkäsittelyn kehittäminen noroviruksen nukleiinihappodiagnostiikkaan
Weintraub, Anna (2016)
Weintraub, Anna
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016112316999
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016112316999
Tiivistelmä
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli kehittää detergentteihin pohjautuva näytteenkäsittely noroviruksen nukleiinihappomonistusta varten. Työ tehtiin yhteistyössä Orion Diagnostica Oy:n tuotekehityslaboratorion kanssa. Näytteenkäsittely suunniteltiin yhteensopivaksi Orion Diagnostica Oy:n SIBA®-teknologiaan perustuvien kylmäkuivattujen reagenssien kanssa. Opinnäytetyön kokeellinen osuus koostui näytteenkäsittelyreagenssien vertailusta eri olosuhteissa kaupallisten noroviruskontrollipartikkelien ja ulosteen kanssa. Tavoitteena oli perehtyä näytemateriaalina olevan ulosteen ja RNA-viruksen asettamiin haasteisiin detergentteihin pohjautuvan näytteenkäsittelyn kautta.
Kehittämiseen käytettiin pääasiallisena tutkimustyökaluna RT-PCR-reaktioita, joiden avulla vertailtiin eri tavalla käsiteltyjen noroviruskontrollipartikkelinäytteiden monistumista. Kyse oli alkuvaiheen tuotekehitystyöstä, jonka aikana pyrittiin rajaamaan pois ei-toimivia vaihtoehtoja ja löytämään joukosta noroviruksen näytteenkäsittelyyn optimaalisimmat reagenssit. Opinnäytetyön viimeisessä vaiheessa tutkittiin detergenttikäsiteltyjen näytteiden toimivuutta SIBA®-reaktiossa. Näytemateriaaleina tutkimuksissa käytettiin kaupallisia noroviruskontrollipartikkeleita ja ulostenäytteitä. Kokonaisuudessaan työ koostui suunnittelusta, detergenttien valinnasta ja valmistamisesta, näytteenkäsittelystä, RT-PCR-reaktioiden valmistelusta ja tulosten tulkinnasta sekä käsittelystä dokumentoitavaan muotoon.
Opinnäytetyön kokeellisessa osuudessa tehtiin kattava pohjatyö noroviruksen näytteenkäsittelyprosessille ennen SIBA®-monistusreaktiota. Detergenttien ominaisuuksia tarkasteltiin korkean konsentraation PEG-liuoksen kanssa, jolloin näytteenkäsittelyn toimivuuden huomattiin parantuvan selkeästi. Loppuun valittujen detergenttien tiedetään toimivan noroviruksen näytteenkäsittelyreagensseina norovirusryhmien GI ja GII kanssa. Lisäksi kuumennusvaiheen merkitys ulostenäytteiden näytteenkäsittelyssä tarkentui. Viimeisen vaiheen tutkimuksista SIBA®-reaktiossa parhailta vaikuttivat detergentit Tween 20 ja Brij L23. Opinnäytetyö esittelee kattavasti työn suorituksen sekä tutkimuksista saadut tulokset ja sen teoriatieto on suunniteltu tukemaan työn laboratorio-osuutta.
Kehittämiseen käytettiin pääasiallisena tutkimustyökaluna RT-PCR-reaktioita, joiden avulla vertailtiin eri tavalla käsiteltyjen noroviruskontrollipartikkelinäytteiden monistumista. Kyse oli alkuvaiheen tuotekehitystyöstä, jonka aikana pyrittiin rajaamaan pois ei-toimivia vaihtoehtoja ja löytämään joukosta noroviruksen näytteenkäsittelyyn optimaalisimmat reagenssit. Opinnäytetyön viimeisessä vaiheessa tutkittiin detergenttikäsiteltyjen näytteiden toimivuutta SIBA®-reaktiossa. Näytemateriaaleina tutkimuksissa käytettiin kaupallisia noroviruskontrollipartikkeleita ja ulostenäytteitä. Kokonaisuudessaan työ koostui suunnittelusta, detergenttien valinnasta ja valmistamisesta, näytteenkäsittelystä, RT-PCR-reaktioiden valmistelusta ja tulosten tulkinnasta sekä käsittelystä dokumentoitavaan muotoon.
Opinnäytetyön kokeellisessa osuudessa tehtiin kattava pohjatyö noroviruksen näytteenkäsittelyprosessille ennen SIBA®-monistusreaktiota. Detergenttien ominaisuuksia tarkasteltiin korkean konsentraation PEG-liuoksen kanssa, jolloin näytteenkäsittelyn toimivuuden huomattiin parantuvan selkeästi. Loppuun valittujen detergenttien tiedetään toimivan noroviruksen näytteenkäsittelyreagensseina norovirusryhmien GI ja GII kanssa. Lisäksi kuumennusvaiheen merkitys ulostenäytteiden näytteenkäsittelyssä tarkentui. Viimeisen vaiheen tutkimuksista SIBA®-reaktiossa parhailta vaikuttivat detergentit Tween 20 ja Brij L23. Opinnäytetyö esittelee kattavasti työn suorituksen sekä tutkimuksista saadut tulokset ja sen teoriatieto on suunniteltu tukemaan työn laboratorio-osuutta.