ÄKTA oligopilot plus DNA-syntetisaattorin kvalifiointi
Haavisto, Susanna (2016)
Haavisto, Susanna
Turun ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016110815852
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016110815852
Tiivistelmä
Opinnäytetyön tarkoituksena oli tehdä käyttöönottokvalifiointi uudelle ÄKTA oligopilot plus DNA-syntetisaattorille. Kvalifiointi, joka perustui Wallac Oy:n laadunhallintajärjestelmään, sisälsi synteesilaitteiston asennuksen kvalifioinnin (IQ) ja toiminnan kvalifioinnin (OQ).
Toimeksiantajalla oli ennestään käytössä tuotannossa Applied Biosystems 3400 DNA-syntetisaattori, joka haluttiin vaihtaa uudempaan toimintavarmuuden takaamiseksi. Syntetisoituja DNA-oligonukleotideja käytetään koettimina vastasyntyneiden seulontatuotteessa, jolla seulotaan SCID-oireyhtymää (Severe Combined Immunodeficiency Disorder).
Osana toiminnan kvalifiointia testattiin DNA-synteesimenetelmiä. Testien avulla selvitettiin millaisilla parametreilla synteesimenetelmistä saataisiin mahdollisimman tehokkaita. Samalla testattiin toimeksiantajan aiemmin käyttämän kantajamateriaalin soveltuvuus uudelle synteesilaitteistolle. Synteesilaitteistolle suunnitellulla kantajalla testattiin sille sopivat synteesiparametrit. Synteesimenetelmien testauksen yhteydessä haluttiin myös osoittaa, että toimeksiantajan oman modifioidun fosforamidiitin on oltava kuivattua ennen oligonukleotidisynteesiä. Synteesin jälkeisessä käsittelyssä testattiin kahta eri menetelmää irrottaa oligonukleotidi kantajasta ja poistaa oligonukleotidissa olevat suojaryhmät.
Synteesimenetelmien testauksesta saatujen tulosten perusteella voitiin todeta molempien kantajamateriaalien toimivan uudella synteesilaitteistolla, mutta synteesimenetelmät eroavat toisistaan. Sekä toimeksiantajan oma että yleisesti käytössä oleva synteesin jälkeinen käsittelymenetelmä osoittautuivat toimiviksi molemmilla kantajamateriaaleilla. Lopullinen oligonukleotidin sekvenssin oikeellisuus ja puhtaus määritettiin analyyttisella UPLC-MS ajolla. Tuloksena saatiin yksi selkeä tuotepiikki, jossa ei näkynyt sivutuotteita. Sekvenssin oikeellisuus selvitettiin antamalla käytetty sekvenssi Mongo Oligo –ohjelmaan, ja saatua ionisaatiosarjaa verrattiin oman oligonukleotidispektrin ionisaatiosarjaan.
Toimeksiantajalla oli ennestään käytössä tuotannossa Applied Biosystems 3400 DNA-syntetisaattori, joka haluttiin vaihtaa uudempaan toimintavarmuuden takaamiseksi. Syntetisoituja DNA-oligonukleotideja käytetään koettimina vastasyntyneiden seulontatuotteessa, jolla seulotaan SCID-oireyhtymää (Severe Combined Immunodeficiency Disorder).
Osana toiminnan kvalifiointia testattiin DNA-synteesimenetelmiä. Testien avulla selvitettiin millaisilla parametreilla synteesimenetelmistä saataisiin mahdollisimman tehokkaita. Samalla testattiin toimeksiantajan aiemmin käyttämän kantajamateriaalin soveltuvuus uudelle synteesilaitteistolle. Synteesilaitteistolle suunnitellulla kantajalla testattiin sille sopivat synteesiparametrit. Synteesimenetelmien testauksen yhteydessä haluttiin myös osoittaa, että toimeksiantajan oman modifioidun fosforamidiitin on oltava kuivattua ennen oligonukleotidisynteesiä. Synteesin jälkeisessä käsittelyssä testattiin kahta eri menetelmää irrottaa oligonukleotidi kantajasta ja poistaa oligonukleotidissa olevat suojaryhmät.
Synteesimenetelmien testauksesta saatujen tulosten perusteella voitiin todeta molempien kantajamateriaalien toimivan uudella synteesilaitteistolla, mutta synteesimenetelmät eroavat toisistaan. Sekä toimeksiantajan oma että yleisesti käytössä oleva synteesin jälkeinen käsittelymenetelmä osoittautuivat toimiviksi molemmilla kantajamateriaaleilla. Lopullinen oligonukleotidin sekvenssin oikeellisuus ja puhtaus määritettiin analyyttisella UPLC-MS ajolla. Tuloksena saatiin yksi selkeä tuotepiikki, jossa ei näkynyt sivutuotteita. Sekvenssin oikeellisuus selvitettiin antamalla käytetty sekvenssi Mongo Oligo –ohjelmaan, ja saatua ionisaatiosarjaa verrattiin oman oligonukleotidispektrin ionisaatiosarjaan.