Creating a DNA Metagenomics Library : Studies: Parkinson Disease Stool Samples
Soila, Simo (2016)
Soila, Simo
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201602192436
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201602192436
Tiivistelmä
DNA:n eristäminen ja NGS metagenomiikkakirjaston luominen on moderni tapa tutkia geneettisen materiaalin monimuotoisuutta ympäristönäytteissä sekä kudosnäytteissä. Vaikka näiden menetelmien teoria ja käytäntö ovat yleisesti ottaen selvitettyjä, ei kokonaisprosessille ole yhtä ja oikeata tapaa suorittaa.
Opinnäytetyön tavoite oli luoda metagenomisia DNA kirjastoja osana Parkinsonin taudin tutkimusta. Tekstissä käsitellään myös menetelmiin pohjautuvaa teoriaa ja pohditaan mahdollisia parannuksia, joita niihin voisi soveltaa.
Työ aloitettiin eristämällä ja puhdistamalla ulostenäytteiden DNA, jonka jälkeen niistä muokattiin DNA kirjasto, joka analysoitiin Illuminan sekvensaattorilla. DNA eristyksistä sekä PCR ja Illumina ajoista saadut arvot kirjattiin ylös ja niitä tarkastellaan tämän opinnäytetyön tuloksissa.
Näytteiden eristyksien pitoisuudet olivat normaalijakautuneita. 138 näytteestä ainoastaan yksi ei tuottanut tulosta vähäisen DNA määränsä takia. Illuminan sekvensointi onnistui, vaikkakin sekvensoinnin laatu olisi voinut olla parempi.
Tuloksista voitiin päätellä, että metagenomisen DNA kirjaston luominen onnistui, vaikkakin jotkin näytteistä tuottivat enemmän sekvenssejä kuin toiset. Illumina ajon keskihajonta kaikille näytteille oli ≈ ± 3 611 000 sekvenssilukua ja keskiarvo ≈ 5 055 000 sekvenssilukua.
Opinnäytetyön tavoite oli luoda metagenomisia DNA kirjastoja osana Parkinsonin taudin tutkimusta. Tekstissä käsitellään myös menetelmiin pohjautuvaa teoriaa ja pohditaan mahdollisia parannuksia, joita niihin voisi soveltaa.
Työ aloitettiin eristämällä ja puhdistamalla ulostenäytteiden DNA, jonka jälkeen niistä muokattiin DNA kirjasto, joka analysoitiin Illuminan sekvensaattorilla. DNA eristyksistä sekä PCR ja Illumina ajoista saadut arvot kirjattiin ylös ja niitä tarkastellaan tämän opinnäytetyön tuloksissa.
Näytteiden eristyksien pitoisuudet olivat normaalijakautuneita. 138 näytteestä ainoastaan yksi ei tuottanut tulosta vähäisen DNA määränsä takia. Illuminan sekvensointi onnistui, vaikkakin sekvensoinnin laatu olisi voinut olla parempi.
Tuloksista voitiin päätellä, että metagenomisen DNA kirjaston luominen onnistui, vaikkakin jotkin näytteistä tuottivat enemmän sekvenssejä kuin toiset. Illumina ajon keskihajonta kaikille näytteille oli ≈ ± 3 611 000 sekvenssilukua ja keskiarvo ≈ 5 055 000 sekvenssilukua.