RNA-sequencing reveals stromal cell induced changes in cancer cell gene expression profiles
Niiranen, Otso (2015)
Niiranen, Otso
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2015
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015052710624
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015052710624
Tiivistelmä
Biologian ja biolääketieteellinen tutkimus muuttuivat vuonna 2000 ratkaisevasti, kun ensimmäinen kokonainen vedos ihmisen genomista julkaistiin kaikkien saataville. Bioinformaattisen tietojen käsittelyn mahdollisuudet lisääntyivät samanaikaisesti valtavasti voimakkaan tietokoneiden laskentakapasiteetin kasvun seurauksena. RNA-sekvenssoinnin suorittamine on viime vuosina yleistynyt, halutessa selvittää solun transkriptomin sisältö. Se tarjoaa suuremman herkkyyden ja pienemmän taustamelusignaalin ja mittaa tehokaammin geeni-ilmentymisen absoluuttista määrää kuin tähän asti muilla menetelmillä on saavutettu. RNA-sekvenssointi on myös sekvensoimattoman genomin tai mutatoituneet syövän selvittämiseksi paras saatavissa oleva vaihtoehto.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää imusuonten seinämäsolujen interaktion vaikutusta melanoomasolujen geeniekspressioon. Tämä tehtiin vertaamalla kahden erityyppisen melanooma ihosyöpäsolulinjan geenien ekspressioita ennen ja jälkeen käsittelyn. Syöpäsolujen RNA-sekvenssoinnin ja tulosten analysoinnin kautta voidaan ymmärtää paremmin melanoomaa ja metastasoimiseen liittyviä biologisia mekanismeja. Tutkimus toteutettiin professori Päivi Ojalan tutkimusryhmässä, joka on osa Helsingin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan Translationaalisen syöpäbiologian tutkimusohjelmaa..
Melanooma WM852- sekä Bowes-syöpäsolulinjat kasvatettiin koesuunnitelman mukaisessa yhteiskasvatusmallissa yhdessä imusuonten seinämäsolujen (LEC) kanssa, jonka jälkeen solut erotettiin toisistaan ja syöpäsolujen RNAt eristettiin. Sekvenssointi toteutetiin DNA Sequencing and Genomics laboratoriossa Biotekniikan Instituutissa. Sekvenssointituloksien laatu tarkastettiin ja rinnastettiin ihmisen referenssigenomia GRCh38.76 vasten, jonka jälkeen genomiin rinnastetut sekvenssifragmentit laskettiin. Fragmenttiluvuista suoritettiin differentiaalinen ekspressioanalyysi, jonka tuloksena pääteltiin, kuinka paljon geenien ilmentyminen on muuttunut käsittelyn aikana. Geenien ekspressiomuutosten kokonaiskuvan saamiseksi suoritettiin lisäksi geenien rikastumis- sekä signalointireittianalyysit.
Tällä hetkellä mielenkiintoisimpia geenilöydöksiä ollaan validoimassa käyttämällä qRT-PCR menetelmää sekä funktionaalisia kokeita soluilla. Nämä tulokset lisäävät ymmärrystämme melanoomasta ja sen leviämisestä, sekä auttavat kehittämään uusia hoitomuotoja syöpätaudeille.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää imusuonten seinämäsolujen interaktion vaikutusta melanoomasolujen geeniekspressioon. Tämä tehtiin vertaamalla kahden erityyppisen melanooma ihosyöpäsolulinjan geenien ekspressioita ennen ja jälkeen käsittelyn. Syöpäsolujen RNA-sekvenssoinnin ja tulosten analysoinnin kautta voidaan ymmärtää paremmin melanoomaa ja metastasoimiseen liittyviä biologisia mekanismeja. Tutkimus toteutettiin professori Päivi Ojalan tutkimusryhmässä, joka on osa Helsingin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan Translationaalisen syöpäbiologian tutkimusohjelmaa..
Melanooma WM852- sekä Bowes-syöpäsolulinjat kasvatettiin koesuunnitelman mukaisessa yhteiskasvatusmallissa yhdessä imusuonten seinämäsolujen (LEC) kanssa, jonka jälkeen solut erotettiin toisistaan ja syöpäsolujen RNAt eristettiin. Sekvenssointi toteutetiin DNA Sequencing and Genomics laboratoriossa Biotekniikan Instituutissa. Sekvenssointituloksien laatu tarkastettiin ja rinnastettiin ihmisen referenssigenomia GRCh38.76 vasten, jonka jälkeen genomiin rinnastetut sekvenssifragmentit laskettiin. Fragmenttiluvuista suoritettiin differentiaalinen ekspressioanalyysi, jonka tuloksena pääteltiin, kuinka paljon geenien ilmentyminen on muuttunut käsittelyn aikana. Geenien ekspressiomuutosten kokonaiskuvan saamiseksi suoritettiin lisäksi geenien rikastumis- sekä signalointireittianalyysit.
Tällä hetkellä mielenkiintoisimpia geenilöydöksiä ollaan validoimassa käyttämällä qRT-PCR menetelmää sekä funktionaalisia kokeita soluilla. Nämä tulokset lisäävät ymmärrystämme melanoomasta ja sen leviämisestä, sekä auttavat kehittämään uusia hoitomuotoja syöpätaudeille.