Ihmisen rinovirusten VP4/2-geenialueen monistaminen RT-qPCR-menetelmällä
Saariranta, Aleksi (2015)
Saariranta, Aleksi
Turun ammattikorkeakoulu
2015
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015052510012
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2015052510012
Tiivistelmä
Rinovirukset ovat yleisiä RNA-viruksia, joiden on todettu aiheuttavan ihmiselle mm. lieviä hengi-tystieinfektioita, keuhkokuumetta, korvatulehduksia ja astmaa. Viruksia tunnetaan yli 100 tyyp-piä. Viruksen genomin 5’ UTR-geenialuetta on käytetty yleisesti rinovirusten tunnistamiseen PCR-menetelmällä, mutta se ei sovellu tyypitykseen. Tässä opinnäytetyössä selvitettiin, onnis-tuuko 650 emäksen pituisen VP4/2-alueen monistaminen RT-qPCR-menetelmällä ja pyrittiin ke-hittämään optimoitu menetelmä geenituotteen muodostamiseksi. Työssä vertailtiin mm. kaupal-lisia qPCR-reaktiosarjoja ja RT-entsyymejä. qPCR-reaktiosarjojen välillä oli selkeitä eroja; KAPA SYBR FAST (Kapa Biosystems) ja SensiFAST SYBR No-ROX (Bioline) –qPCR-reaktiosarjat olivat selkeästi herkempiä kuin edullinen MAXIMA SYBR Green (Fermentas) –reaktiosarja. Tu-lokset osoittivat, että VP4/2-aluetta pystyttiin monistamaan 100 rinovirusgenomia sisältävästä näytteestä. Menetelmä toimi tehokkaasti viljeltyjen rinovirus-RNA-näytteiden VP4/2-alueen mo-nistamiseen. Menetelmän toimivuus pitää testata jatkossa myös kliinisillä näytteillä menetelmän validoimiseksi kliinis-virologiseen käyttöön.