Menetelmä gastrointestinaalien stroomakasvaimien mutaatioiden tutkimiseksi Roche® GS junior™:lla
Salmikangas, Marko (2014)
Salmikangas, Marko
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2014
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201405127278
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201405127278
Tiivistelmä
Uuden sukupolven sekvensointitekniikat ovat olleet käytössä jo vuosituhannen alkupuolelta suurissa kansainvälisissä tutkimusryhmissä, mutta suuren kokonsa ja korkean hintansa vuoksi näitä NGS (next-generation sequencing) -laitteita ei ole ollut mahdollista hyödyntää diagnostisessa laboratoriotyössä. Tekniikan kehittyessä laitteiden koko ja kustannukset ovat laskeneet tasolle, jossa myös pienemmillä laboratorioilla on mahdollisuus hankkia itselleen näitä laitteita diagnostiseen työhön tutkimustyön lisäksi.
Työn tarkoituksena on luoda kustannustehokas menetelmä, jolla voidaan tutkia usean potilaan näytteet samanaikaisesti ja luotettavasti. Menetelmän avulla pystytään GIST (Gastro Intestinal Stromal Tumors) -diagnostiikan lisäksi arvioimaan taudissa käytettävän lääkityk-sen esim. imatinib® annostus. Tämä on merkittävä osa taudin hoitoa, sillä osa KIT:n mu-taatioista on imatinib® hoidolle resistenttejä toisten vaatiessa hyvinkin pieniä annoksia.
Koska Roche® GS junior™:lla on mahdollista tutkia useita eri asioita, mukaan lukien virusin-tegraatio alueita ja fuusiogeenejä, ja menetelmää halutaan hyödyntää koko laitteen toimintakapasiteetin alueelta, on tarkoituksena luoda menetelmästä universaalisti sovellettava muillekin taudeille, esim. MCPyV:n (Merkel Cell Polyoma Virus) havaitsemiseksi ja integraation tunnistamiseksi. Menetelmä pystytetään muistuttamaan Duncavage ym. artikkelissa esittelemää Washington University Capture menetelmää, mukaillen myös Roche®:n työ- ja käyttöohjeita.
Projektin tavoitteena oli menetelmän pystytys ja kustannustehokkuuden arviointi; tässä onnistuttiin vain osittain, sillä näytteiden sekvensointi ei onnistunut. qPCR:n perusteella pystytään kuitenkin osoittamaan itse valmistettujen koettimien toiminta, sekä menetelmän toimivuus aina sekvensointivalmisteluihin asti. Valitettavasti materiaalien loppuminen, sekä ongelmat sekvensoinnissa annetulla aikavälillä vaikuttivat huonoihin sekvensointituloksiin, minkä takia emme pysty varmasti osoittamaan menetelmän spesifisyyttä ja toiminnan puhtautta.
Työn tarkoituksena on luoda kustannustehokas menetelmä, jolla voidaan tutkia usean potilaan näytteet samanaikaisesti ja luotettavasti. Menetelmän avulla pystytään GIST (Gastro Intestinal Stromal Tumors) -diagnostiikan lisäksi arvioimaan taudissa käytettävän lääkityk-sen esim. imatinib® annostus. Tämä on merkittävä osa taudin hoitoa, sillä osa KIT:n mu-taatioista on imatinib® hoidolle resistenttejä toisten vaatiessa hyvinkin pieniä annoksia.
Koska Roche® GS junior™:lla on mahdollista tutkia useita eri asioita, mukaan lukien virusin-tegraatio alueita ja fuusiogeenejä, ja menetelmää halutaan hyödyntää koko laitteen toimintakapasiteetin alueelta, on tarkoituksena luoda menetelmästä universaalisti sovellettava muillekin taudeille, esim. MCPyV:n (Merkel Cell Polyoma Virus) havaitsemiseksi ja integraation tunnistamiseksi. Menetelmä pystytetään muistuttamaan Duncavage ym. artikkelissa esittelemää Washington University Capture menetelmää, mukaillen myös Roche®:n työ- ja käyttöohjeita.
Projektin tavoitteena oli menetelmän pystytys ja kustannustehokkuuden arviointi; tässä onnistuttiin vain osittain, sillä näytteiden sekvensointi ei onnistunut. qPCR:n perusteella pystytään kuitenkin osoittamaan itse valmistettujen koettimien toiminta, sekä menetelmän toimivuus aina sekvensointivalmisteluihin asti. Valitettavasti materiaalien loppuminen, sekä ongelmat sekvensoinnissa annetulla aikavälillä vaikuttivat huonoihin sekvensointituloksiin, minkä takia emme pysty varmasti osoittamaan menetelmän spesifisyyttä ja toiminnan puhtautta.