Kvantitatiiviseen polymeraasiketjureaktioon perustuvan testin kehittäminen ruokapatogeenin tunnistamiseksi
Vihersalo, Kaisa (2013)
Vihersalo, Kaisa
Turun ammattikorkeakoulu
2013
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2013052710885
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2013052710885
Tiivistelmä
Ruokateollisuudessa ruoan tuottajan vastuulla on turvata ja varmistaa valmistamiensa tuotteiden turvallisuus kuluttajille. Koska monet elintarvikkeet ja niiden valmistuksessa käytettävät raaka-aineet ovat hyviä kasvualustoja bakteereille, on niitä syytä testata ihmisille patogeenisten bakteerien varalta ennen kuin niitä käytetään raaka-aineeksi tai toimitetaan myyntiin. Markkinoilla on useanlaisia menetelmiä tehdä testejä. Perinteisesti testaus tehdään ns. maljausmenetelmällä, joka perustuu maljalla kasvaneiden bakteeripesäkkeiden morfologiaan ja viljelmälle tehdyn entsymaattisten reaktioiden perusteella tehtävään tunnistamiseen. Koska maljausmenetelmä vie paljon aikaa, on sen rinnalle haluttu kehittää nopeampi ja spesifisempi tekniikka.
Kvantitatiiviseen polymeraasiketjureaktioon perustuvien menetelmien suosio on kasvanut niiden helppouden, spesifisyyden ja nopeuden ansiosta. Hyvin tehdyn suunnittelun avulla qPCR-menetellä pystytään tunnistamaan näytteestä pieniäkin määriä kohdebakteeria. Maljausmenetelmällä tuloksen saamiseen menee useita päiviä, mutta qPCR:n avulla tulos saadaan jo vuorokaudessa.
Työn tarkoituksena oli suunnitella spesifiset alukkeet ja koettimet kvantitatiiviseen polymeraasiketjureaktioon perustuvaan testiin. Alukkeiden ja koettimien suunnittelutyön tavoite oli tunnistaa kaksi eri kohdegeeniä samanaikaisesti näytteestä. Työssä oligoiden spesifisyyttä testattiin yli 200 eri bakteerikannalla. Geenin 1 kohdalla kaikki 25 positiivista näytettä antoivat positiivisen tuloksen ja kaikki 177 negatiivista näytettä antoivat negatiivisen tuloksen. Geenin 2 kohdalla kaikki 30 positiivista näytettä antoivat positiivisen tuloksen ja 172 negatiivista näytettä antoivat negatiivisen tuloksen.
Kvantitatiiviseen polymeraasiketjureaktioon perustuvien menetelmien suosio on kasvanut niiden helppouden, spesifisyyden ja nopeuden ansiosta. Hyvin tehdyn suunnittelun avulla qPCR-menetellä pystytään tunnistamaan näytteestä pieniäkin määriä kohdebakteeria. Maljausmenetelmällä tuloksen saamiseen menee useita päiviä, mutta qPCR:n avulla tulos saadaan jo vuorokaudessa.
Työn tarkoituksena oli suunnitella spesifiset alukkeet ja koettimet kvantitatiiviseen polymeraasiketjureaktioon perustuvaan testiin. Alukkeiden ja koettimien suunnittelutyön tavoite oli tunnistaa kaksi eri kohdegeeniä samanaikaisesti näytteestä. Työssä oligoiden spesifisyyttä testattiin yli 200 eri bakteerikannalla. Geenin 1 kohdalla kaikki 25 positiivista näytettä antoivat positiivisen tuloksen ja kaikki 177 negatiivista näytettä antoivat negatiivisen tuloksen. Geenin 2 kohdalla kaikki 30 positiivista näytettä antoivat positiivisen tuloksen ja 172 negatiivista näytettä antoivat negatiivisen tuloksen.