RNA-eristysmenetelmien vertailu formaliini-fiksoiduilla parafiiniin valetuilla näytteillä
Kortevaara, Antti-Jussi (2012)
Kortevaara, Antti-Jussi
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201301251726
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201301251726
Tiivistelmä
Opinnäytteeni tarkoituksena oli vertailla kolme erilaista RNA:n eristysmenetelmää formaliinifiksoiduilla parafiiniin valetuilla (FFPE) näytteillä. Näytteet olivat peräisin leiomyosar-koomasta (sileän lihaskudoksen pahanlaatuinen kasvain) ja gastrointestinaalinen strooma-tuumori taudista (GIST, maha-suolikanavan harvinainen kasvain). Opinnäytteeni liittyi aka-temiaprofessori Heikki Joensuun johtamaan syöpätutkimusryhmän työhön ja toteutin työni Biomedicumissa Molekyylionkologian laboratoriossa. Työssäni vertasin nykyisin käytössä olevaa RNA:n eristysmenetelmää (High Pure RNA Paraffin Kit, Roche) kahteen uuteen menetelmään. Ensimmäinen menetelmä oli modifikaatio nykyisin käytössä olevasta menetelmästä parafiinin poiston suhteen. Parafiinin poistoon käytin Depafaffinization Solution -liuosta (Qiagen). Toinen menetelmä oli täysin automatisoitu Tissue Preparation System -laite (Siemens) ja siinä käytettiin VERSANT® Tissue Preparation Reagent Kit -menetelmää. Eri menetelmillä saatua RNA:n pitoisuutta tutkin UV-VIS spektrofotometrisesti ja RNA:n laatua reaaliaikaisella käänteistranskriptio PCR:llä. Tuloksista kävi ilmi, että nykyisin käytössä oleva Rochen reagenssisarja on opinnäytteessä verratuista menetelmistä parhain. Qiagenin parafiininpoistoliuoksen käyttö ei tuonut huo-mattavaa lisähyötyä. Näiden kahden menetelmän välillä ei ollut merkitsevää eroavuutta (p-arvo 0,604) ja näytteiden välillä oli voimakas riippuvuus (korrelaatiokerroin 0,982). Sie-mensin automaatin tuottama RNA oli vertailun heikkolaatuisinta. Rochen ja Siemensin menetelmien eroavuus on melkein merkitsevä (p-arvo 0,023) ja niiden välillä oli kohtalainen riippuvuus (korrelaatiokerroin 0,556). Ottaen huomioon työni tulokset tutkimusryhmän kannattaa jatkaa Rochen menetelmän käyttöä. Suosittelen kuitenkin lämpimästi tutustumaan muihin tarjolla oleviin automaattisiin eristysmenetelmiin, sillä niistä saatava hyöty on ylivoimainen manuaalisiin menetelmiin nähden. Automaattisilla menetelmillä voidaan ajaa suurempia näytesarjoja kerralla, työn nopeus on ylivoimainen ja eristys ei sido työntekijää, vaan aikaa vapautuu muuhun työn tekemiseen.