Elongaatiotekijä alfa yhden sitoutuminen promoottorialueelle
Eskandari, Kowstan (2012)
Eskandari, Kowstan
Turun ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012121920025
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012121920025
Tiivistelmä
Tämä opinnäytetyö tehtiin Åbo Akademin biotieteiden laitoksella, professori Lea Sistosen laboratoriossa BioCityssä.
Opinnäytetyössä tutkittiin, miten solut reagoivat stressiin ja miten ne selviävät stressistä. Päähuomiona oli lämpöshokkitekijä 1:n (HSF1) ja elongaatiotekijä alfa 1:n (eEFα-1) vuorovaikutus DNA:n kanssa.Opinnäytetyössä käytettiin oligonukleotidipresipitaatio-menetelmää, jolla tietylle emäsjärjestykselle sitoutuneet proteiinit eristetään. Työ sisälsi paljon soluviljelyä, tuman eristystä, sekä proteiini-DNA -vuorovaikutusten analysointia.
Oligonukleotidipresipitaatio-menetelmällä eristettiin DNA:han sitoutunut HSF1:n solun muusta HSF-populaatiosta. Tällä menetelmällä voidaan tutkia, mitä muita proteiineja sitoutuu DNA:han HSF-perheen kanssa ja millaisessa tilassa HSF1 sitoutuu DNA:han. Tilalla tarkoitetaan sitä, että HSF1:tä säädellään liittämällä siihen eri molekyylejä, esimerkiksi fosfaattiryhmiä, joka puolestaan viestittää geeniluennan aloittamisesta. Tällä uudella tekniikalla voidaan tutkia, mitkä nämä kyseiset fosforylaatiokohdat HSF1:ssä ovat ja mitä ne viestittävät DNA:lla.
Oligonukleotidipresipitaatio-menetelmällä tutkittiin viljeltyjä ihmisen kohdunkaulansyöpäsoluja, joita lämpökäsikelttiin 42 °C:ssa puoli tuntia. Solujen keräämisen jälkeen tehtiin kokosolu- ja tumalysaatteja. Ennen varsinaista menetelmää tumat rikastettiin ja solut esipuhdistettiin. Näiden jälkeen solulysaatteihin lisättiin oligonukleotidi, jolla eristettiin DNA:n sitoutuva HSF1 sekä mahdolliset muut proteiinit.
DNA:n sitoutuneiden proteiinien analysointiin käytettiin akryyliamidigeeliä, joka erottelee proteiinit koon perusteella, sekä vasta-aineita, joilla proteiinit tunnistetaan. Pääasiassa käytetyt vasta-aineet olivat HSF1, HSF2 ja eEFα-1. Tässä opinnäytetyössä keskityttiin lämpöshokkitekijöihin ja elongaatiotekijä alfa 1:een. Tuloksien perusteella lisätutkimuksia ja testejä tarvitaan edelleen.
Opinnäytetyössä tutkittiin, miten solut reagoivat stressiin ja miten ne selviävät stressistä. Päähuomiona oli lämpöshokkitekijä 1:n (HSF1) ja elongaatiotekijä alfa 1:n (eEFα-1) vuorovaikutus DNA:n kanssa.Opinnäytetyössä käytettiin oligonukleotidipresipitaatio-menetelmää, jolla tietylle emäsjärjestykselle sitoutuneet proteiinit eristetään. Työ sisälsi paljon soluviljelyä, tuman eristystä, sekä proteiini-DNA -vuorovaikutusten analysointia.
Oligonukleotidipresipitaatio-menetelmällä eristettiin DNA:han sitoutunut HSF1:n solun muusta HSF-populaatiosta. Tällä menetelmällä voidaan tutkia, mitä muita proteiineja sitoutuu DNA:han HSF-perheen kanssa ja millaisessa tilassa HSF1 sitoutuu DNA:han. Tilalla tarkoitetaan sitä, että HSF1:tä säädellään liittämällä siihen eri molekyylejä, esimerkiksi fosfaattiryhmiä, joka puolestaan viestittää geeniluennan aloittamisesta. Tällä uudella tekniikalla voidaan tutkia, mitkä nämä kyseiset fosforylaatiokohdat HSF1:ssä ovat ja mitä ne viestittävät DNA:lla.
Oligonukleotidipresipitaatio-menetelmällä tutkittiin viljeltyjä ihmisen kohdunkaulansyöpäsoluja, joita lämpökäsikelttiin 42 °C:ssa puoli tuntia. Solujen keräämisen jälkeen tehtiin kokosolu- ja tumalysaatteja. Ennen varsinaista menetelmää tumat rikastettiin ja solut esipuhdistettiin. Näiden jälkeen solulysaatteihin lisättiin oligonukleotidi, jolla eristettiin DNA:n sitoutuva HSF1 sekä mahdolliset muut proteiinit.
DNA:n sitoutuneiden proteiinien analysointiin käytettiin akryyliamidigeeliä, joka erottelee proteiinit koon perusteella, sekä vasta-aineita, joilla proteiinit tunnistetaan. Pääasiassa käytetyt vasta-aineet olivat HSF1, HSF2 ja eEFα-1. Tässä opinnäytetyössä keskityttiin lämpöshokkitekijöihin ja elongaatiotekijä alfa 1:een. Tuloksien perusteella lisätutkimuksia ja testejä tarvitaan edelleen.