Krimin-Kongon verenvuotokuumeviruksen (CCHFV) reaaliaikaisen PCR:n evaluointi
Toivanen, Toni (2012)
Toivanen, Toni
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012121619624
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012121619624
Tiivistelmä
Opinnäytetyö tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää kuinka hyvin reaaliaikainen RT-PCR soveltuu Krimin-Kongon verenvuotokuumeviruksen (CCHFV) detektoimiseen. Näytteet koostuivat 60:stä oletetusti negatiivisesta potilasnäytteestä, ja 14:sta ENIVD:ltä (European Network for Diagnostics of "Imported" Viral Diseases) saadusta CCHFV-laaduntarkkailunäytteestä (RNA:ta). Potilasnäytteet eristettiin käyttäen QIAamp® Viral RNA-menetelmää (QIAGEN) ja tuotteen monistaminen suoritettiin reaaliaikaiseen RT-PCR-menetelmään pohjautuvalla Stratagene Mx3005P-analysaattorilla. Negatiiviset potilasnäytteet testattiin SYBR Greenia sekä koetinpohjaista menetelmää käyttäen ja laaduntarkkailunäytteet vain koetinpohjaista menetelmää käyttäen. Kyseisten menetelmien herkkyyttä määritettiin käyttämällä Krimin-Kongon verenvuotokuumeviruksen kvantitatiivisia posiitivikontrolleja, jotka edustivat Kosovo-Hoti –kantaa ja jotka oltiin saatu Robert Koch instituutista Saksasta (RNA:na). Tulokset olivat lupaavia. Negatiivinäytteet olivat negatiivisia, mikä osoittaa sen, että alukkeet oli hyvin suunniteltu. Stratagene Mx 3005P-analysaattori ei monistanut epäspesifistä PCR-tuotetta, ainoastaan primer dimereita. Laaduntarkkailunäytteiden tulokset olivat odotettuja. Koetin oli suunniteltu tunnistamaan yhtä neljästä viruksen genotyypistä ja näin olikin. Tulevaisuudessa tehdään tarvittavat muutokset tekemällä koettimista sekoitus, jolla on mahdollista tunnistaa kaikki neljä genotyyppiä.