Viridans-ryhmän streptokokkikantojen identifiointi Brukerin MALDI-TOF MS -laitteella
Vahanne, Saija; Viertomanner, Saana (2012)
Vahanne, Saija
Viertomanner, Saana
Turun ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012112716691
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012112716691
Tiivistelmä
Viridans-ryhmän streptokokit ovat non- tai alfahemolyyttisiä, pääosin matalavirulenssisia streptokokkeja, jotka voidaan jakaa viiteen ryhmään niille tyypillisten ominaisuuksien perusteella. Viridans-streptokokkien mitis-ryhmään kuuluva Streptococcus pneumoniae on tärkeä taudinaiheuttaja. Matriisiavusteista laserdesorptioionisaatio lentoaikamassaspektrometriaa (MALDI-TOF MS) käytetään mikrobien identifioimiseen, mutta sillä on ollut ongelmia viridans-streptokokkien identifioimisessa. MALDI-TOF MS:ssa mikrobisolun proteiinit ionisoidaan ja ionien massa erotellaan massa/varaus-suhteen (m/z) perusteella lentoajan avulla ja näin saadaan molekyylin massaspektri. Mikrobille spesifistä spektriä verrataan viitetietokannassa olevien tunnettujen lajien spektreihin.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli identifioida viridans-ryhmän streptokokkeja käyttämällä Brukerin MALDI-TOF MS -laitetta ja verrata tyyppikannoista saatuja tuloksia niiden tyyppikantanimiin ja potilasnäytteiden tuloksia aiemmin pyrosekvensoinnilla saatuihin tuloksiin. Tavoitteena oli selvittää voidaanko laitteella luotettavasti identifioida viridans-ryhmän streptokokit ja erottaa erityisesti pneumokokki muista viridans-streptokokeista.
Tutkimus suoritettiin TYKSLABin kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. Tutkimuksessa identifioitiin 154 näytettä, joista 55 oli tyyppikantakokoelmista kerättyjä ja 99 veriviljelynäytteistä eristettyjä bakteerikantoja. Kaikki näytteet identifioitiin MALDI-TOF MS:lla. Potilasnäytteistä saatuja tuloksia verrattiin niistä aiemmin pyrosekvensoinnilla saatuihin tuloksiin ja tyyppikantanäytteistä saatuja tuloksia verrattiin niiden tyyppikantanimiin.
Sekä tyyppikanta- että potilasnäytteissä MALDI-TOF MS:lla saadut tulokset täsmäsivät ryhmätasolla erittäin hyvin. Tyyppikantanäytteistä 91 %:sta saatiin lajitasolla oikea tulos ja potilasnäytteistä 36 %:sta saatiin pyrosekvensoinnilla ja MALDI-TOF MS:lla sama laji. Lajitasolla väärin identifioiduista potilasnäytteistä suurin osa kuului mitis-ryhmään. MALDI-TOF MS tunnisti virheellisesti pneumokokeiksi 40 mitis-ryhmään kuuluvaa kantaa. Näin ollen laite ei sovellu pneumokokkien identifiointiin. Muiden viridans-ryhmän streptokokkien identifioinnin luotettavuus laitteella vaihtelee.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli identifioida viridans-ryhmän streptokokkeja käyttämällä Brukerin MALDI-TOF MS -laitetta ja verrata tyyppikannoista saatuja tuloksia niiden tyyppikantanimiin ja potilasnäytteiden tuloksia aiemmin pyrosekvensoinnilla saatuihin tuloksiin. Tavoitteena oli selvittää voidaanko laitteella luotettavasti identifioida viridans-ryhmän streptokokit ja erottaa erityisesti pneumokokki muista viridans-streptokokeista.
Tutkimus suoritettiin TYKSLABin kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. Tutkimuksessa identifioitiin 154 näytettä, joista 55 oli tyyppikantakokoelmista kerättyjä ja 99 veriviljelynäytteistä eristettyjä bakteerikantoja. Kaikki näytteet identifioitiin MALDI-TOF MS:lla. Potilasnäytteistä saatuja tuloksia verrattiin niistä aiemmin pyrosekvensoinnilla saatuihin tuloksiin ja tyyppikantanäytteistä saatuja tuloksia verrattiin niiden tyyppikantanimiin.
Sekä tyyppikanta- että potilasnäytteissä MALDI-TOF MS:lla saadut tulokset täsmäsivät ryhmätasolla erittäin hyvin. Tyyppikantanäytteistä 91 %:sta saatiin lajitasolla oikea tulos ja potilasnäytteistä 36 %:sta saatiin pyrosekvensoinnilla ja MALDI-TOF MS:lla sama laji. Lajitasolla väärin identifioiduista potilasnäytteistä suurin osa kuului mitis-ryhmään. MALDI-TOF MS tunnisti virheellisesti pneumokokeiksi 40 mitis-ryhmään kuuluvaa kantaa. Näin ollen laite ei sovellu pneumokokkien identifiointiin. Muiden viridans-ryhmän streptokokkien identifioinnin luotettavuus laitteella vaihtelee.