PCR-menetelmän validointi : translokaation (6;9)(p23;q34) osoitus RNA:sta
Rummukainen, Petri (2012)
Rummukainen, Petri
Turun ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201205036126
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201205036126
Tiivistelmä
Akuutissa myelooisessa leukemiassa verta muodostaviin soluihin kertyy erilaisia solujen toimintaa muuttavia mutaatioita, normaalien myelooisen sarjan solujen tuotanto on estynyt ja epäkypsät solut ilmaantuvat vereen ja muualle elimistöön. Yksi tällainen muutos on translokaatio (6;9)(p23;q34), jonka tuloksena syntyy fuusiogeeni DEK-NUP214.
t(6;9)(p23;q34)-positiivisessa AML:ssä voi olla monosyyttisiä piirteitä ja yleisiä löydöksiä potilaalta ovat basofilia sekä monilinjainen dysplasia. t(6:9)(p23;q34)-positiivinen AML luokitellaan huonon ennusteen ja korkean relapsiriskin luokkaan. Varhaisella hematopoieettisten kantasolujen siirrolla on kuitenkin havaittu olevan ennustetta parantava vaikutus.
Opinnäytetyössä tuotettiin materiaali PCR-menetelmän validoimiseksi translokaation (6;9)(p23;q34):n osoittamiseksi RNA:sta, jonka tuli olla sekä spesifinen kyseiselle mutaatiolle, että riittävän herkkä jäännöstautitutkimukseksi. Näytemateriaalia oli käytettävissä validointiin 50 potilaalta joko mononukleaarisina soluina tai RNA:na.
Käytettävissä oli yhden aikaisemmin t(6;9)(p23;q34)-positiiviseksi todetun AML-potilaan näyte, jota käytettiin positiivisena kontrollina. Tunnetusta positiivisesta näytteestä tehtiin laimennossarja, jolla tutkittiin menetelmän herkkyyttä. Kaikkien näytteiden RNA:n eheys varmistettiin rinnakkaisella ABL-geenin tutkimuksella.
50 potilaan näytteistä kahdessa todettiin DEK/NUP214-fuusiogeeni. Molemmilla potilailla oli myös kromosomitutkimuksessa voitu osoittaa t(6;9)(p23;q34)-muutos. Toisen positiivisen potilaan seurantanäytteistä tutkittiin DEK-NUP214 –fuusiogeenin määrä kvantitatiivisella PCR-menetelmällä, ja tuloksia verrattiin aiemmin käytetyn seurantamarkkerin määrään.
Kahden DEK/NUP214-positiivisen potilaan diagnoosivaiheen luuydinnäytteistä tehtiin log-lineaarinen laimennossarja analyysin herkkyystason määrittämiseksi. Menetelmän herkkystasoksi saavutettiin 1/100 000. Menetelmä osoittautui siis sekä spesifiseksi DEK/NUP214-fuusiogeenin osoittamisessa että riittävän herkäksi käytettäväksi jäännöstautitutkimuksena.
t(6;9)(p23;q34)-positiivisessa AML:ssä voi olla monosyyttisiä piirteitä ja yleisiä löydöksiä potilaalta ovat basofilia sekä monilinjainen dysplasia. t(6:9)(p23;q34)-positiivinen AML luokitellaan huonon ennusteen ja korkean relapsiriskin luokkaan. Varhaisella hematopoieettisten kantasolujen siirrolla on kuitenkin havaittu olevan ennustetta parantava vaikutus.
Opinnäytetyössä tuotettiin materiaali PCR-menetelmän validoimiseksi translokaation (6;9)(p23;q34):n osoittamiseksi RNA:sta, jonka tuli olla sekä spesifinen kyseiselle mutaatiolle, että riittävän herkkä jäännöstautitutkimukseksi. Näytemateriaalia oli käytettävissä validointiin 50 potilaalta joko mononukleaarisina soluina tai RNA:na.
Käytettävissä oli yhden aikaisemmin t(6;9)(p23;q34)-positiiviseksi todetun AML-potilaan näyte, jota käytettiin positiivisena kontrollina. Tunnetusta positiivisesta näytteestä tehtiin laimennossarja, jolla tutkittiin menetelmän herkkyyttä. Kaikkien näytteiden RNA:n eheys varmistettiin rinnakkaisella ABL-geenin tutkimuksella.
50 potilaan näytteistä kahdessa todettiin DEK/NUP214-fuusiogeeni. Molemmilla potilailla oli myös kromosomitutkimuksessa voitu osoittaa t(6;9)(p23;q34)-muutos. Toisen positiivisen potilaan seurantanäytteistä tutkittiin DEK-NUP214 –fuusiogeenin määrä kvantitatiivisella PCR-menetelmällä, ja tuloksia verrattiin aiemmin käytetyn seurantamarkkerin määrään.
Kahden DEK/NUP214-positiivisen potilaan diagnoosivaiheen luuydinnäytteistä tehtiin log-lineaarinen laimennossarja analyysin herkkyystason määrittämiseksi. Menetelmän herkkystasoksi saavutettiin 1/100 000. Menetelmä osoittautui siis sekä spesifiseksi DEK/NUP214-fuusiogeenin osoittamisessa että riittävän herkäksi käytettäväksi jäännöstautitutkimuksena.