Comparison of different DNA extraction methods from hair root follicles to genotype Finnish Landrace boars with the Illumina PorcineSNP60 BeadChip
Sironen, Anu; Uimari, Pekka; Vilkki, Johanna (2011)
Sironen, Anu
Uimari, Pekka
Vilkki, Johanna
Julkaisusarja
Agricultural and Food Science
Volyymi
20
Numero
2
Sivut
143-150
MTT Agrifood Research Finland The Scientific Agricultural Society of Finland
2011
Julkaisun pysyvä osoite on
http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2015090311428
http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2015090311428
Tiivistelmä
Viime aikoina uuden sukupolven sekvensointimenetelmät ovat mahdollistaneet useiden lajien koko genomin sekvensoinnin. Sekvenssitietoon perustuen on kehitetty genotyypityssiruja, joiden käyttö kuitenkin vaatii laadukasta DNA:ta. Perinteisesti DNA:n eristämiseen on käytetty veri-, sperma- tai kudosnäytteitä, joiden kerääminen kuitenkin on kallista, aikaa vievää ja stressaavaa eläimille. Karvanäytteitä on aiemmin käytetty yksittäisten geenimerkkien genotyypitykseen, mutta heikko DNA:n laatu on estänyt luotettavan sirugenotyypityksen karvanäytteistä. Mahdollisuus käyttää karvatupesta eristettyä DNA:ta sirutyypityksiin mahdollistaisi jo olemassa olevien näytteiden ja laajojen aineistojen genotyypityksen sirutekniikalla. Tässä tutkimuksessa olemme kehittäneet ja testanneet eri menetelmiä laadukkaan DNA:n eristämiseksi sikojen karvatupesta ja analysoitavaksi PorcineSNP60 Genotyping BeadChip-genotyypityssirulla (Illumina). Parhaan DNA konsentraation ja puhtauden antanut menetelmä valittiin 273n karvanäytteen analysointiin. Kun DNAn konsentraatio oli yli 30ng/µl, karvatupesta eristetty DNA tuotti sirugenotyypityksessä yhtä luotettavia tuloksia kuin spermasta eristetty DNA (onnistumisprosentti >99%). Tulokset myös todistavat PorcineSNP60-genotyypityssirun sopivuuden suomalaisen maatiaissikapopulaation analysointiin.